El proceso de construcción del EEES se inicia el 18 de septiembre  1988, con la firma la Carta Magna de las Universidades Europeas por los rectores asistentes en Bolonia con motivo del IX Centenario de esa Universidad. En este documento se comienza a hablar de la necesidad de animar la movilidad tanto de profesores como de estudiantes y se considera, como instrumento esencial para garantizar la misión de la Universidad, pensar en una política general de equivalencia en materia de status, títulos, exámenes y de concesión de becas.

Después de este momento se produjeron varios encuentros desde la declaración de la La Sorbona (1998), que se consolida y amplía con la Declaración de Bolonia (1999), sentando con ellas las bases de la convergencia Europea.
Posteriormente, el Comunicado de Praga  (2001) firmado por 32 países, reafirma este objetivo, recogiendo las conclusiones de la reunión organizada por la CRUE (Salamanca, 2001), la Convención de estudiantes (Goteborg, 2001) y las actividades de la UEA  (European University Association). En 2003, los ministros con competencias en Educación Superior de 33 países europeos, se reunieron en Berlín  para analizar los logros alcanzados y establecer las prioridades y nuevos objetivos para acelerar la construcción del EEES. Reuniones posteriores a esta fecha fueron las celebradas en Bergen (2005) y Londres  (2007).  La VI Conferencia de Ministros de Educación del EEES se celebró en Lovaina (Bélgica) los días 28 y 29 de abril de 2009. En esta reunión participaron las delegaciones de  46 países que conformaban el EEES entonces, para analizar los progresos realizados hasta el momento y definir nuevas políticas con el objetivo de avanzar hacia una Europa unida en el conocimiento, la educación y la cultura.
En el año 2010, la Declaración de Budapest, marcó el final de la primera década del Proceso de Bolonia y supuso la presentación oficial del EEES. En el marco de esta declaración, los ministros dieron la bienvenida a Kazajistán como el cuadragésimo séptimo país participante y destacaron la naturaleza específica del Proceso de Bolonia, que supone una asociación única entre autoridades públicas, instituciones de enseñanza superior, alumnos y personal, así como empresarios, agencias de garantía de la calidad, organizaciones internacionales e instituciones europeas (Declaración de Budapest 2010).

En abril de 2012, la Reunión de Ministros Europeos de Educación Superior se celebró en Bucarest. En ella se acordaron las reformas para crear un EEES modernizado y abierto. Con la crisis y su impacto social como telón de fondo, los ministros convinieron que las reformas deben centrarse en desarrollar la capacidad no aprovechada de la educación superior para contribuir al crecimiento y la empleabilidad: Un mensaje que también es esencial en la “Agenda para modernizar los sistemas  educativos en Europa”. La Conferencia Ministerial estableció las prioridades para la siguiente fase del Proceso de Bolonia (2012-2015) para los países del EEES.  Además, los ministros adoptaron la Estrategia de Movilidad de Bolonia, que establece que, a más tardar en 2020, el 20 % de los graduados europeos de educación superior hayan realizado parte de sus estudios en el extranjero (Declaración de Bucarest 2012).